На початку 1945 р. на теренах Естонії проживало близько 800 тисяч осіб, із них 95% становили естонці. Другий прихід радянської влади в Естонії був пов’язаний з другою хвилею червоного терору. Всього в 1944 — 1956 рр. Було репресовано близько 70 000 осіб, із них близько 19 000 — розстріляно. В керівництві естонської компартії відбувалася боротьба між місцевими кадрами й приїжджими з Росії. Вона закінчилася перемогою російських естонців за допомоги Москви. Першим секретарем ЦК КПЕ став російський естонець Іван Кебін. Після його обрання почався погром місцевих кадрів, звільнення з роботи, виключення з партії, арешти тощо. В цей час приблизно 20 000 "лісових братів” вели збройну боротьбу проти советизації країни. До Естонії завозили сотні тисяч жителів Росії, України, Білорусі. Водночас повернення корінних мешканців у Нарву і Палдіскі було заборонено.
29 січня 1949 р. Рада Міністрів СРСР видала указ про нову масову депортацію в Прибалтиці. До Сибіру і Казахстану депортували 20 700 осіб естонської національності, на 70% жінок, дітей і старих. Близько 3000 засланих загинуло.
За Хрущова режим дещо пом’якшився. Але за Брежнєва знову посилилась примусова русифікація, що викликало масовий спротив естонців, для яких естонська мова стала мовою національної гідності й протистояння русифікаторській політиці союзного центру. Дедалі більше внаслідок масового завезення робочої сили з інших республік зменшувалася питома вага естонського населення — в період з 1945-го до 1989 року з 97,3% до 61,5%. Все це викликало невпевненість естонців у власному майбутньому. Поширювалися побоювання, що естонці стануть національною меншиною на своїй землі. Після початку "перебудови” політичне життя в Естонії набуло нової якості. 23 серпня в Таллінні відбулася перша велика політична маніфестація, що вимагала гласності щодо секретних протоколів до пакту Молотова — Ріббентропа. Почалися виступи з вимогою економічної самостійності (госпрозрахунок) Естонії.
У 1988 році в Естонії було сформовано Народний фронт на підтримку "перебудови” (НФ) на чолі з Едгаром Савісааром і Мар’ю Лаурістін. На противагу цьому союзний центр створив на теренах Естонії Інтернаціональний рух трудящих ЕРСР на чолі з Євгеном Коганом. Комуністи маневрували, міняючи керівництво естонської компартії. НФ спочатку вимагав широкої автономії для Естонії в межах конфедерації, на яку слід було перетворити СРСР. За ініціативою народного фронту було зібрано 860 000 підписів із вимогою визнати суверенітет Естонії. 16 листопада 1988 р. Верховна Рада ЕРСР ухвалила Декларації про суверенітет з приматом естонських законів над союзними. Статус Естонії у складі СРСР мав регламентуватися союзним договором. Президія Верховної Ради СРСР скасувала естонську Декларацію, однак керівництво Естонії проігнорувало цей крок Москви.
На виборах депутатів з’їзду народних депутатів СРСР перемогли в Естонії представники народного фронту, що отримали 27 мандатів із 36. 23 серпня 1989 р. відбулася громадська акція "Балтійський шлях”. 2 мільйони людей утворили 600-кілометровий ланцюг від Таллінна до Вільнюса. В жовтні 1989 р. Народний фронт зажадав надати Естонії цілковиту незалежність.
12 листопада 1989 року Верховна Рада ЕРСР ухвалила резолюцію, в якій кваліфікувала дії Радянського Союзу щодо незалежної естонської держави в 1940 році як агресію, окупацію і анексію. Цю політику естонської влади підтримувало 96% естонців. На початку 1990 р. відбувся Конгрес громадян Естонії, де зажадали відновлення державної незалежності, виведення радянських військ і компенсації завданих Естонії збитків, що були наслідком окупації. На нових (березневих) виборах до парламенту Естонії 3/4 депутатських мандатів здобули прихильники незалежності. Парламент очолив А. Рюйтель, уряд — Е. Савісаар. Почався масовий вихід із лав компартії Естонії, що розкололася на "суверен-комуністів” і "промосковських комуністів”. 30 березня 1990 р. Верховна Рада Естонії визнала радянську владу на території країни незаконною з моменту її встановлення.
Москва запропонувала Естонії особливий статус у складі конфедерації. Естонське керівництво від пропозиції відмовилось.
14 травня М.С. Горбачов своїм указом скасував рішення Верховної Ради Естонії щодо скасування радянської влади.
15 травня прихильники СРСР намагалися захопити замок Тоомпеа в Таллінні. 16 травня Верховна Рада Естонії відокремила естонські органи управління від присутніх на її території радянських, що призвело до паралельного функціонування. Було ухвалено рішення будувати відносини між Естонією і СРСР на основі Тартуської мирної угоди 1920 року. Активно діяла протилежна сторона. В травні 1990 р. у місті Кохтла-Ярве під захистом радянських десантників відбувся з’їзд федералістів, що виступали за збереження СРСР. Було створено робітничі загони. Але керівництво Російської Федерації не підтримало такі дії. 12 січня 1991 р.
А. Рюйтель і Б. Єльцин підписали в Москві Договір про основи відносин між РРФСР і Естонською Республікою, в якому визнавали одне одного суверенними державами і суб’єктами міжнародного права. 13 січня радянські десантники і спецпідрозділ "Альфа” напали на Вільнюську телевежу в Литві (загинуло 14 осіб). Побоюючись повторення вільнюських подій, на Тоомпеа почали будувати барикади.
Коли в Москві стався ГКЧП, в Естонії його підтримав Інтернаціональний рух Когана, в Естонію кинули псковську десантну дивізію, вона захопила телевежу в Таллінні. Після провалу путчу уряд Естонії взяв ситуацію в країні під контроль. 24 серпня 1991 р. незалежність Естонії було визнано Російською Федерацією. Розпочалося життя відновленої незалежної Естонської держави. З 1994 р. економічне зростання в Естонії було одним із найбільш бурхливих в Європі. Цікаво, що маленька Естонія є лідером в Європейському Союзі в багатьох напрямках розвитку. Досить лише згадати, що якщо традиційні члени ЄС мають великі проблеми з виконанням вимог керівних органів об’єднаної Європи щодо дефіциту державного бюджету (вимагається, щоб він був не більше 3%), то Естонія має дефіцит лише 1,7%. Цікаво, що з усіх колишніх комуністичних країн, найбільш успішними сьогодні є два малюки — фіно-угорська Естонія і слов’янська Словенія. Може, тому, що не мають жодних імперських амбіцій?
А естонці справді є дуже неквапливим народом, що віддзеркалено у відповідних анекдотах. Але все, що вони роблять, робиться ретельно, грунтовно і якісно, щоб потім не переробляти. Вони не поспішають, але ніколи не спізнюються. Може тому, що сповідують давню європейську мудрість: "Поспішай повільно!”, тобто розумно, враховуючи всі обставини. Тим більше, що квапливість потрібна лише під час полювання на комах...
Як би українцям навчитися в естонців їхньої неквапливої результативності, вмінню вперто і ефективно обстоювати свої інтереси, цінувати своє рідне і ніколи не поступатися нахабному тискові? У знаменитому фінському епосі "Калевала” є слова, що в російському перекладі звучать так:
Будьте тверды словно скалы,
Словно башни из железа,
Неустанно щит свободы
На руке своей держите…
Що ж, і фіни, і естонці завжди дотримувалися цих пророчих слів. І не шкодують про це. Зрештою, кожен народ має таке життя, яке він сам собі збудував. Кожен народ сам є ковалем свого щастя і свого нещастя. А естонці вперше за багато років можуть не хвилюватися за своє майбутнє, що є гарантованим в об’єднаній Європі.